Júlio César Campozano and Roberto Quiroz were the defending champions but Quiroz decided not to participate.
Campozano played alongside Emilio Gómez, but they lost in the first round.
Martín Alund and Facundo Bagnis won the title, defeating Leonardo Mayer and Martín Ríos-Benítez 7–5, 7–6(7–5) in the final.
| Doubles | |
|---|---|
| 2012 Challenger Ciudad de Guayaquil | |
| Champions |  Martín Alund Facundo Bagnis |
| Runners-up | Leonardo Mayer Martín Ríos-Benítez |
| Score | 7–5, 7–6(7–5) |
Seeds edit
Nicholas Monroe / 
Simon Stadler (semifinals)
Juan Sebastián Cabal / 
Rubén Ramírez Hidalgo (quarterfinals)
Martín Alund / Facundo Bagnis (champions)
Goran Tošić / Denis Zivkovic (semifinals)
Draw edit
Key edit
- Q = Qualifier
- WC = Wild card
- LL = Lucky loser
- Alt = Alternate
- SE = Special exempt
- PR = Protected ranking
- ITF = ITF entry
- JE = Junior exempt
- w/o = Walkover
- r = Retired
- d = Defaulted
- SR = Special ranking
Draw edit
| First round | Quarterfinals | Semifinals | Final | ||||||||||||||||||||||||
| 1 |  N Monroe S Stadler
| 6 | 66 | [10] | |||||||||||||||||||||||
 R Borvanov A El Mihdawy
| 4 | 78 | [5] | 1 | N Monroe S Stadler
| 7 | 77 | ||||||||||||||||||||
 J Aguilar D Garza
| 6 | 6 | J Aguilar D Garza
| 5 | 61 | ||||||||||||||||||||||
 Alexander Lobkov Sebastian Serrano
| 4 | 2 | 1 | N Monroe S Stadler
| 61 | 3 | |||||||||||||||||||||
| 3 | M Alund F Bagnis
| 6 | 77 | 3 | M Alund F Bagnis
| 77 | 6 | ||||||||||||||||||||
 S Galdós G Pella
| 3 | 65 | 3 | M Alund F Bagnis
| 6 | 6 | |||||||||||||||||||||
| D Beretta R Olivo
| 4 | 1 |  R Gonzales C Letcher
| 4 | 2 | ||||||||||||||||||||||
| R Gonzales Chris Letcher
| 6 | 6 | 3 | M Alund F Bagnis
| 7 | 77 | |||||||||||||||||||||
| WC |  Alejandro Estrada J-S Vivanco
| 3 | 2 | WC | L Mayer M Ríos-Benítez
| 5 | 65 | ||||||||||||||||||||
| A González C Salamanca
| 6 | 6 | A González C Salamanca
| 2 | 4 | ||||||||||||||||||||||
| WC | JC Campozano E Gómez
| 3 | 6 | [9] | 4 |  G Tošić D Zivkovic
| 6 | 6 | |||||||||||||||||||
| 4 | G Tošić D Zivkovic
| 6 | 4 | [11] | 4 | G Tošić D Zivkovic
| 6 | 3 | [6] | ||||||||||||||||||
| WC | L Mayer Martín Ríos-Benítez
| 77 | 5 | [10] | WC | L Mayer M Ríos-Benítez
| 3 | 6 | [10] | ||||||||||||||||||
| N Barrientos C Saavedra-Corvalán
| 63 | 7 | [6] | WC | L Mayer M Ríos-Benítez
| 6 | 5 | [10] | |||||||||||||||||||
| Alt | Maximiliano Estévez Mateo Martínez
| 1 | 3 | 2 | JS Cabal R Ramírez Hidalgo
| 3 | 7 | [8] | |||||||||||||||||||
| 2 | JS Cabal R Ramírez Hidalgo
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||||