Ivan Ljubičić won the title, defeating Stefan Koubek 6–3, 6–4 in the final.
| Singles | |
|---|---|
| 2006 PBZ Zagreb Indoors | |
| Champion |  Ivan Ljubičić |
| Runner-up |  Stefan Koubek |
| Score | 6–3, 6–4 |
| Draw | 32 |
| Seeds | 8 |
Seeds edit
Ivan Ljubičić (champion)
David Ferrer (first round)
Richard Gasquet (second round)
Radek Štěpánek (second round)- Mario Ančić (second round)
Jarkko Nieminen (second round)
Igor Andreev (first round)- Feliciano López (second round)
Draw edit
Key edit
- Q = Qualifier
- WC = Wild card
- LL = Lucky loser
- Alt = Alternate
- SE = Special exempt
- PR = Protected ranking
- ITF = ITF entry
- JE = Junior exempt
- w/o = Walkover
- r = Retired
- d = Defaulted
- SR = Special ranking
Finals edit
| Semifinals | Final | ||||||||||||
| 1 | Ivan Ljubičić
| 66 | 6 | 6 | |||||||||
 Novak Djokovic
| 78 | 3 | 4 | ||||||||||
| 1 | Ivan Ljubičić
| 6 | 6 | ||||||||||
| Q | Stefan Koubek
| 3 | 4 | ||||||||||
 Tim Henman
| 3 | 6 | 2 | ||||||||||
| Q | Stefan Koubek
| 6 | 3 | 6 | |||||||||
Top half edit
| First round | Second round | Quarterfinals | Semifinals | ||||||||||||||||||||||||
| 1 | I Ljubičić
| 4 | 6 | 6 | |||||||||||||||||||||||
| WC | A Murray
| 6 | 2 | 3 | 1 | I Ljubičić
| 77 | 6 | |||||||||||||||||||
 J Hernych
| 2 | 4 |  K Carlsen
| 65 | 4 | ||||||||||||||||||||||
| K Carlsen
| 6 | 6 | 1 | I Ljubičić
| 6 | 6 | |||||||||||||||||||||
| T Zíb
| 4 | 6 | 1 |  M Youzhny
| 3 | 2 | |||||||||||||||||||||
| M Youzhny
| 6 | 3 | 6 | M Youzhny
| 2 | 77 | 77 | ||||||||||||||||||||
 P Starace
| 6 | 5 | 3 | 6 |  J Nieminen
| 6 | 63 | 60 | |||||||||||||||||||
| 6 | J Nieminen
| 3 | 7 | 6 | 1 | I Ljubičić
| 66 | 6 | 6 | ||||||||||||||||||
| 4 | R Štěpánek
| 6 | 77 | N Djokovic
| 78 | 3 | 4 | ||||||||||||||||||||
| Q | T Cakl
| 3 | 62 | 4 | R Štěpánek
| 3 | 4 | ||||||||||||||||||||
| N Djokovic
| 6 | 7 | N Djokovic
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| R Vik
| 1 | 5 | N Djokovic
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| D Bracciali
| 4 | 65 | Q | I Bozoljac
| 2 | 3 | |||||||||||||||||||||
| Q | I Bozoljac
| 6 | 77 | Q | I Bozoljac
| 77 | 6 | ||||||||||||||||||||
 R Söderling
| 64 | 6 | 1 | 8 |  F López
| 65 | 2 | ||||||||||||||||||||
| 8 | F López
| 77 | 4 | 6 | |||||||||||||||||||||||
Bottom half edit
| First round | Second round | Quarterfinals | Semifinals | ||||||||||||||||||||||||
| 7 | I Andreev
| 3 | 6 | 3 | |||||||||||||||||||||||
| WC | M Čilić
| 6 | 1 | 6 | WC | M Čilić
| 6 | 4 | 4 | ||||||||||||||||||
| A Seppi
| 6 | 6 | A Seppi
| 4 | 6 | 6 | |||||||||||||||||||||
| Q |  N Okun
| 2 | 4 | A Seppi
| 3 | 4 | |||||||||||||||||||||
 A Clément
| 3 | 3 | T Henman
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| T Henman
| 6 | 6 | T Henman
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| D Sanguinetti
| 3 | 0 | WC/3 | R Gasquet
| 4 | 4 | |||||||||||||||||||||
| WC/3 | R Gasquet
| 6 | 6 | T Henman
| 3 | 6 | 2 | ||||||||||||||||||||
| 5 | M Ančić
| 6 | 4 | 6 | Q | S Koubek
| 6 | 3 | 6 | ||||||||||||||||||
| D Tursunov
| 3 | 6 | 4 | 5 | M Ančić
| 67 | 64 | ||||||||||||||||||||
 R Schüttler
| 60 | 3 | I Karlović
| 79 | 77 | ||||||||||||||||||||||
| I Karlović
| 77 | 6 | I Karlović
| 64 | 78 | 3 | |||||||||||||||||||||
| Q | S Koubek
| 79 | 3 | 6 | Q | S Koubek
| 77 | 66 | 6 | ||||||||||||||||||
| I Minář
| 67 | 6 | 3 | Q | S Koubek
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||
 S Wawrinka
| 4 | 6 | 6 | S Wawrinka
| 4 | 4 | |||||||||||||||||||||
| 2 | D Ferrer
| 6 | 1 | 3 | |||||||||||||||||||||||